
Ένα μεγάλο τμήμα του φυσικού περιβάλλοντος των Χανίων αποτελείται, λόγω της ιδιαίτερης πανίδας και χλωρίδας του, από προστατευόμενες περιοχές για κυνήγι, δρυμούς και βιότοπους (λίμνη Αγιάς, λίμνη Κουρνά, νήσοι Γαύδος και Γαυδοπούλα, Ελαφονήσι κ.ά. προστατεύονται από το «Natura 2000»).
Στον εθνικό δρυμό του φαραγγιού της Σαμαριάς ζουν υπό προστασία είδη όπως ο κρητικός αίγαγρος, ο γυπαετός και ενδημικά φυτά που μόνο εκεί ευδοκιμούν. Το μεγαλοπρεπέστερο φαράγγι της Ευρώπης, το φαράγγι της Σαμαριάς, ξεκινά από το οροπέδιο του Ομαλού, έχει 16 χλμ. μήκος και 3 έως 300 μ. πλάτος. Το πέρασμα του φαραγγιού, που διαρκεί περίπου 4-5 ώρες, επιτρέπεται από το Μάη έως το Σεπτέμβρη.
Για τους περιηγητές, τους ορειβάτες και τους εξερευνητές σπηλαίων υπάρχουν στο νομό Χανίων πολλοί αγαπητοί προορισμοί, όπως το φαράγγι της Αγ. Ειρήνης στο Σέλινο, το φαράγγι της Ίμπρου στα Σφακιά, το φαράγγι της Αράδαινας, του Θερίσου κ.ά. και περισσότερα από 1500 σπήλαια και θαλάσσια σπήλαια. Από τα πιο ενδιαφέροντα είναι του Αποκόρωνα (Σαμωνάς, Κουρνάς, Μελιδόνι, κ.ά.), του Αγ. Ιωάννη και ο Αρκουδόσπηλιος κοντά στη Μονή Γουβερνέτου.