Grâce à la morphologie de ses sols et à l'osmose de la mer et de la montagne, la Préfecture de La Canée constitue un paradis pour ceux qui recherchent l'aventure et des formes de tourisme alternatif, lequel connaît de plus en plus de succès auprès des touristes ces dernières années : tourisme rural, éco-tourisme, de campagne ou de montagne, religieux ou 'pédestre' etc.

Le sentier européen des grands itinéraires 'E4 Alpine' qui commence aux Pyrénées et traverse la Grèce, continue par Kisamos pour aboutir à Zakros en Crète orientale.

Il traverse presque tout le massif montagneux de la Préfecture de La Canée, avec des trajets qui provoquent des émotions uniques chez les amoureux de la nature et de la marche. Dans les régions semi-montagneuses et montagneuses, le promeneur verra des petits villages traditionnels, des maisons en pierre et des ruelles étroites que le temps semble avoir oubliés.

Des occasions de tourisme alternatif se présentent dans les villages les plus organisés, comme le tourisme rural ou l''éco-tourisme', qui offre au visiteur la possibilité de demeurer dans des logements ruraux traditionnels d'habitude rénovés. Là il se familiarise avec la nature crétoise et le mode de vie crétois des gens de la campagne et il peut savourer des produits locaux de culture biologique. À Vamos à Apokorona, à Milia et à Spilia à Kisamos on trouve des villages de ce type, qui attirent l'attention de centaines de visiteurs de par le monde.

L'alpinisme et l'escalade sont une tentation pour les plus audacieux. À la Canée se trouve un club alpiniste, ainsi que quatre refuges dans les Montagnes Blanches, l'un à Kallergi à Omalos (alt. 1680 m) pouvant héberger 40 personnes, à Volikas à Kerameia (alt. 1430 m) pouvant pourvoir aux besoins de 30 personnes, le " Houliopoloulos " à Svourichti (alt. 1970 m) pouvant loger 22 personnes, et à Tavri à Askyfou (alt. 1200 m) pouvant héberger 46 personnes. Les Montagnes Blanches se prêtent aussi au ski alpin en hivers. On peut faire de l'escalade à Kalatha et à Stavros à Akrotiri, sur les versants de Gkigkilou dans la gorge de Thérissos, à Topolia, à Aghia Irène, à Gré Leska et ailleurs en beaucoup d'autres lieux. Le vélo de montagne et le parapente constituent une autre attraction, alors que l'arrière-pays montagneux se prête à la chasse. L'observation de rares espèces d'oiseaux est aussi possible aux hygro-biotopes du lac de Aghia.

Les plages infinies de la Préfecture donnent au visiteur l'occasion de nager, mais aussi de jouir d'une grande gamme de sports nautiques, comme le yachting, le kayac, la planche à voile, le ski nautique et la plongée libre organisée par des clubs de plongée appropriés, alors que la pêche pour les amoureux du genre procure un plaisir de plus.

En effet, sur la plage de Aghia Marina jusqu'à Kisamos, de nombreux centres de campings équipés opèrent en été (le camping libre est interdit partout en Grèce) pour les amateurs de camping. Des marinas servent les régions de Kisamos et de Palaiochora de la Préfecture de La Canée. Enfin, un grand nombre d'activités sportives sont aussi organisées dans des espaces publics ou privés adéquatement aménagés.

Le tourisme de conférence est aussi une forme de tourisme alternatif. Ce type de tourisme est proposé par l'Université Polytechnique de Crète, l'Institut d'Éducation Technique de La Canée, l'Institut Agronomique Méditerranéen de La Canée, l'Institut des Fruits Sub-tropicaux et de l'Olive de La Canée, le Centre d'Architecture Méditerranéenne, l'Académie Orthodoxe de Kolymbari, la Fondation Aghia Sofia, l'Institut National de Recherche " Elefthérios K. Venizélos " et autres. Toutes ces institutions organisent des séminaires et journées d'information qui ont lieu soit dans leurs salles, soit dans des salles accommodées dans des hôtels de première classe.