Dans l'un des monuments moyenâgeux les plus beaux de la ville de La Canée, dans le katholikon impressionnant du Couvent des Moines Franciscains (XVIe siècle), se trouve le Musée Archéologique de La Canée, qui rassemble des trouvailles archéologiques de diverses époques de la Préfecture de La Canée : des trouvailles du village minoen de La Canée, parmi lesquelles on distingue des échantillons des premières écritures, l'écriture linéaire A et l'écriture linéaire B, gravées sur des plaques en terre cuite et des morceaux de vases, ainsi que le sceau en argile " du prince ", d'une importance majeure. On y trouve également des reliques et des dizaines de pots en argiles peints de l'époque post-minoenne, parmi lesquels la boussole de la tombe post-minoenne de Aptère, avec le joli dessin d'un joueur de guitare notamment remarquable. Il y a aussi une exposition abondante des oeuvres des temps historiques (1 millénaire avant J.-C.), où l'on distingue le groupe de taureaux dédicatoires de Tsiskiana, des statues hellénistiques et romaines qui proviennent de sites archéologiques importants de la Préfecture et les trois pavements de mosaïque des temps romains de la ville de La Canée, portant des représentations mythologiques. Enfin, la collection de bijoux hellénistiques et romains en or qui proviennent de tombes de la ville de La Canée ou de trouvailles sacrées de la région de La Canée, est aussi impressionnante.

Dans une autre église vénitienne, l'Église de San Salvatore des Moines Franciscains (XVe - XVIIe siècles), se trouve la très belle Collection Byzantine et Post-byzantine de La Canée. Elle comprend des trouvailles la région de La Canée, des sculptures architecturales, des épigraphes, des fresques, des icônes, pièces de monnaie, bijoux et céramiques.

La Forteresse Firka abrite le Musée Naval de La Canée, qui réunit des objets relatifs à l'histoire navale et la mer, comme des cartes marines, des gravures, des organes de navigation, des maquettes de navires et une collection riche de coquillages, alors qu'une collection remarquable de souvenirs de la Bataille de la Crète occupe une grande partie du Musée. Un peu plus loin vers l'intérieur de la même Forteresse, se trouve la Collection Folklorique de la Société Historique, Folklorique et Archéologique de Crète, qui renferme une multitude d'objets de la vie rurale et urbaine de la Crète, ainsi qu'une bibliothèque crétologique riche.

Le Musée de Guerre de La Canée se trouve dans les Casernes Italiennes, oeuvre de l'architecte italien Macuzo (1870), près du Jardin Municipal. Il s'agit de la deuxième branche du Musée de Guerre d'Athènes.

Les Archives Historiques de Crète furent fondées en 1932, 20 rue I. Sfakianaki. La bibliothèque contient plus de 6500 mille livres et de très importants manuscrits et archives des révolutions crétoises depuis 1821, archives tant de l'État Crétois que de personnes privées. Il s'agit de la plus riche collection d'archives après les Archives Générales de l'État, qui comprend également une petite collection d'objets folkloriques et historiques.

La Galerie Municipale au début de la rue Halidon renferme une partie de la collection des oeuvres d'art, que la Municipalité de La Canée a acquises par le passé. La galerie ambitionne non seulement de fonctionner comme un musée, mais également de devenir un lieu de protection et de préservation de la culture au sens le plus large.

La Maison de Vénizelos à Halèpa est la maison où Elefthérios Vénizelos vécut la plus grande partie de sa vie. Elle est ouverte au public et exploitée comme musée de meubles et objets personnels du grand ethnarque.