L'empire byzantin et l'orthodoxie sont les deux axes qui influencèrent de façon indélébile l'évolution de la Crète. Rien que dans la Préfecture de La Canée on compte plus de 300 églises byzantines aujourd'hui.

Les basiliques paléochrétiennes de Sougia et la basilique de Almyrida, avec ses échantillons exceptionnel de sols de mosaïque, la Rotonde ou l'Église de l'Archange Michel (VIe siècle) au Diocèse de Kisamos, une construction d'une architecture unique impressionnante, dont les murs sont couverts de plus de cinq couches d'hagiographies, l'Église de Saint-Nicolas (Aghios Nikolaos) (XIe siècle) à Kyriakoselia à Apokoronas, le Temple de la Religieuse ou Vierge Marie Zerviotissa (XIIe siècle) à Stylos et le Temple de Saint- Georges (Aghios Georgios) (1243) à Alikianos, dont les hagiographies furent exécutées par la main de Pavlos Provatas (1430), constituent quelques-uns des monuments ecclésiastiques de la Préfecture. L'Église de Saint-Georges (1314) de Komitades à Sfakia, la Mère de Dieu de Kakodiki à Selinos, l'Archange Michel (XIVe siècle) de Aradaina à Sfakia et de Sarakina à Sélinos et des dizaines d'autres églises et chapelles provoqueront l'intérêt du visiteur et l'émouvront. Les monastères existent en Crète depuis la période proto-byzantine, avant l'an 824. De plus, depuis le XVIe siècle de nouveaux monastères furent construits à cause de la menace turque et les vieux monastères furent restaurés avec l'aide des conquérants vénitiens. Les plus importants parmi eux se trouvent à Akrotiri: le Couvent de la Sainte Trinité ou Tagkarolon (XVIIe siècle), avec de nombreux éléments architecturaux occidentaux; un peu plus loin, le Couvent de Gdernetou (Gouvernetou), dédié à la Dame des Anges (XVIe siècle), en forme de forteresse; et de là, à l'intérieur d'une gorge, le " katholikon " ou église du Couvent de Saint-Jean (Aghios Ioannis) l'Ermite (XVIIe siècle), modèle architectural exceptionnel en harmonie avec la sauvagerie et l'inaccessibilité du paysage. Également importants sont le Cloître de femmes de Saint Baptiste à Korakiès, le Couvent de la Vierge Marie la Conductrice ou Gonia à Kolymbari (XVIIe siècle), le Couvent de Saint-Jean le Théologien à Stylos à Apokoronas, le Monastère de femmes fortifié de Chrysopigi à Mourniès, de Aghia Kyriaki à Varypetros, le Monastère de Saint-Georges à Karydi (XIIe siècle) et bien d'autres.

Les innombrables conquérants marquèrent de leur passage toute la Préfecture, en laissant des monuments qui rappellent le drame du peuple crétois, mais aussi sa bravoure.

Le Fort de Selinos à Palaiochora (XIIIe siècle), Fragokastello (XIVe siècle), les ruines de la Tour de Da Molin (XIIIe siècle) à Alikianos, les bâtiments vénitiens de Kokalaki à Deré et la villa de la Rotonde à Kalethènes à Kisamos constituent quelques-unes des premières traces de l'empire vénitien. Vers la fin de cette période, et face à la menace turque, les architectes vénitiens les plus habiles créèrent certains des meilleurs spécimens d'architecture défensive : le château fort de La Canée, oeuvre de Sanmicheli (1537), les forts des îlots de Souda et de Gramvousa, oeuvres de Orsini (1570 et 1579 respectivement). Une série d'autres châteaux forts et citadelles, comme la Citadelle d'Idjedin (1872) à Kalami, les forts de Aptère (1867) et d'Askyfou, la Tour d'Alidaki à Embrosnero à Apokoronas sont des exemples représentatifs de la domination turque.

Les derniers conquérants de l'île n'érigèrent aucune bâtisse imposante, mais ils laissèrent un monument-référence à l'horreur et à la vanité de l'ambition humaine et de la guerre: le Cimetière Allemand de la Deuxième Guerre Mondiale à Malémé, où reposent 4400 soldats allemands.