La morphologie du sol et la position de la Crète au milieu de la Méditerranée ont un impact direct sur le climat de la Préfecture de La Canée, un climat tempéré méditerranéen et spécialement sec et chaud, avec une insolation couvrant 70% des jours de l'an. L'hiver est doux et le temps du mois de novembre jusqu'au mois de mars est froid, mais pas glacial, et il pleut souvent. Les Montagnes Blanches sont enneigées du début du mois de novembre jusqu'à la fin du mois de mai, mais les neiges sont rares dans les plaines.

Au mois d'avril, le temps est doux et agréable, et ce n'est qu'en de rares occasions que le soleil disparaît soudainement pour laisser place au froid et à la pluie. Il se peut qu'il pleuve au mois d'octobre, mais le temps est encore surtout chaud et les bains de mer sont encore plaisants. Les mois de mai et de septembre sont généralement ensoleillés, mais pas extrêmement chauds. Cependant, l'été est assez chaud et sec. Les mois de juin, juillet et août sont les mois les plus chauds de l'année, sans chutes de pluie.

Dans les régions montagneuses et semi-montagneuses de la Préfecture, la température est plus basse, alors qu'au contraire sur les côtes sud et les plaines à l'intérieur de l'île, elle est plus élevée de quelques degrés.

Un autre évènement important est que les températures maritimes des côtes sud de la région sont presque identiques en hiver que les températures maritimes d'Europe du Sud en été. Par conséquent, les bains de mer hivernaux sont devenus un sport agréable de plus en plus prisé ces dernières années. Sa morphologie, sa géographie et son climat font de La Canée un lieu idyllique, où règne l'harmonie de la nature et d'où la monotonie est totalement absente.

La Préfecture de La Canée combine les hauts sommets montagneux impraticables et stériles et les plaines fertiles, les grands ports et les baies pittoresques, une côte nord très active et une côte sud calme, la péninsule et la mer, la neige et la pluie et beaucoup de soleil. C'est un lieu qui mérite son nom d' " île des Bienheureux," autrement dit, le " paradis " selon les Anciens Grecs.