La civilisation crétoise a toujours été étroitement liée à la nature et le respect des Crétois envers le monde qui les entoure s'est toujours reflété non seulement dans leur manière de vivre, mais également dans leur art et leur religion. Le Crétois d'aujourd'hui ressent encore ce lien primitif avec la nature et la vie naturelle, et il parvient à co-habiter harmonieusement avec son environnement, sans efforts particuliers.

L'environnement naturel de la Préfecture de La Canée comme celui de la Crète entière est maintenu en très bon état. Les mers sont propres, alors que dans l'arrière-pays, les grandes étendues de nature sauvage préservent leur beauté vierge.

Une géomorphologie riche et un climat tempéré favorisent le développement de plus de 2100 espèces de plantes adventices, dont 300 sont endémiques, alors qu'une faune endémique complète la mosaïque de la nature crétoise.

Dans la Préfecture de La Canée on rencontre les huit zones végétatives - littorale, basse, sub-montagneuse, montagneuse, subalpine, alpine, les hygro-biotopes et les gorges - chacune ayant sont royaume animal et végétal propre. Une grande partie de ces biotopes est aujourd'hui protégée (les côtes de Platania-Gerani-Pyrgos, de Psilonero-Mâlémé, les lacs de Aghia et de Kournas, les îlots de Gavdos et Gavdopoula, Elafonisos, les promontoires de Gramvousa et Irène etc. - Natura 2000) ou ont été officiellement proclamés " parcs nationaux " (comme la gorge de Samaria).

Le lis de mer (pancratium maritimum), motif décoratif privilégié de l'art minoen, et la violette de mer (matthiola tricuspidata) poussent sur les côtes, près des lieux où les tortues de mer (caretta-caretta) pondent leurs oeufs. Le ciste (cistus sp.), l'ébénier crétois (ebenus cretica), l'olivier (olea europea), les agrumes et les dizaines de fleurs sauvages composent l'environnement dans lequel vivent la souris sauvage crétoise (apodemus sylvaticus creticus), le loir (meles meles-arcalus), la fouine (martes foina-bunites), la belette (mustela nivalis galinthias), le lièvre et le hérisson. Dans les régions semi-montagneuses fleurissent les cyclamens (cyclamen creticum), la yeuse (quercus coccifera) et le buisson épineux (calicotome villosa), alors qu'un peu plus haut en montagne, l'érable (acer sempervirens) et la tulipe crétoise (tulipa cretica) poussent au milieu des forets de châtaigniers (castanea sativa) de Kisamo et de cyprès (cupressus sempervirens) des Montagnes Blanches.

C'est à cette altitude que vivent le chamois crétois (capra aegagrus- cretica), la 'souris épineuse' (acomys minus), unique au monde, le chat sauvage (felix silvestris-agrius), ainsi que des oiseaux de proie comme l'aigle royal (aquila crhysaetus), le gypaète (gypaetus barbatus), un oiseau rare, et le vautour (gyps fulvus). Dans beaucoup de gorges de la Préfecture de La Canée, le visiteur trouvera également presque toute la famille de plantes et herbes aromatiques de Crète, dont la plus connue est le dictame (origanum dictamnus).

Tous les printemps, la Préfecture de La Canée s'habille d'une fête de couleurs, d'arbres bourgeonnants, de buissons et de fleurs, alors que l'air se charge d'arômes d'herbes enivrants. Le monde animal, renouvelé par le repos hivernal, se rue dans les campagnes, sans être pour le moins dérangé par la présence humaine.