Le souvenir de la nuit des temps de l'île, d'époques où l'écriture n'existait pas encore ou d'époques dont les écrits furent découverts mais que l'on n'est pas encore parvenu à déchiffrer, a survécu dans les mythes du monde antique.

C'est à Minos, fils de Jupiter et de la nymphe Europe, le roi le plus vieux de Crète dont il fut le premier colonisateur, que les anciennes sources attribuent la fondation de la plupart des villes, dont les plus importantes sont celles de Kydonia à l'ouest, à l'opposé du Péloponnèse, de Cnossos au centre de l'île, face à l'Asie Mineure, et de Phaistos au sud. Mais quelle est la distance qui sépare réellement le mythe de la réalité? Alors que de l'ère néolithique (6100-3500/2900 avant J.-C.) on ne connaît pas grand chose, si ce n'est qu'il existait une certaine activité dans les grottes et les plaines du nord de la Préfecture de La Canée, la présence minoenne (2800-1200 avant J.-C.) est en effet diffusée partout en Crète occidentale, comme en témoignent les nombreuses ruines résidentielles et mortuaires de l'époque. Dembla à Varypetros est le plus ancien village exploré jusqu'à présent, alors que pendant l'ère minoenne prospère un village près de Nerokourou, aux alentours de Souda. Mais le village minoen le plus important de la Crète occidentale du point de vue de sa superficie et de sa longévité est le village de ku-do-ni-ja (Kydonia) localisé sur la colline de Kastéli, sous l'actuelle ville de La Canée. Les fouilles ont mis au jour des débris architecturaux importants et uniques, ainsi que des objets mobiles qui sont exposés au musée archéologique de La Canée. La Préfecture est également pleine de tombes de l'époque post-minoenne principalement, comme par exemple les tombes post-minoennes de Malémé, de Fylaki et de Stylo.

Autour de 1100 avant J.-C., un groupe de Doriens du Péloponnèse, avec à leur tête Althaemènes, fils du roi Kissos d'Argos, débarquent très probablement en Crète occidentale, s'y installent et continuent vers Rhodes. La Crète devient dorique et ainsi commence la période historique" hellénique " pendant laquelle de nombreuses villes-états sont fondées dans la Préfecture. Kydonia est la ville la plus importante de la région, à l'emplacement de l'actuelle ville de La Canée.

En 524 avant J.-C. des colonisateurs de Samos occupent la Crète, qui passe ensuite aux mains des Éginites en 519 avant J.-C. C'est la ville la plus puissante du point de vue politique, militaire et économique, mais elle se trouve en conflit constant avec d'autres grandes villes anciennes de la Préfecture, comme la ville avoisinante de Aptère au sud de baie de Souda, au nord du village de Mégala Chorafia, Polyrrhénia au sud de Kisamos et Phalassarna sur la côte ouest.

Divisées lorsqu'elles n'étaient pas menacées, les grandes villes s'unissaient comme les doigts d'une main dès qu'une menace extérieure mettait en danger la liberté de toute l'île. Ainsi en 74 avant J.-C. purent-elles sortir victorieuses de l'attaque de la flotte romaine dans le golfe de La Canée. Une victoire dont, néanmoins, elles ne devaient pas jouir pour longtemps…