La fin de la Crète libre arriva en 68 avant J.-C. quand le consul romain Quintus Metellus envahit l'île, en commençant par Phalassarna. Kydonia fut vite occupée également, mais reconnue par les Romains comme ville indépendante, et connut ainsi une grande apogée pendant la domination romaine (68 avant J.-C.- 324). À la paix romaine et à la période proto-chrétienne succéda l'empire byzantin. Kydonia continuait d'occuper une place importante parmi les villes de l'île, comme en témoignent les fondations de la basilique paléochrétienne de Kastéli à La Canée. En 823, la Crète fut occupée par les Arabes Sarrasins, qui cependant ne laissèrent pas leur empreinte dans la région, à l'exception de quelques toponymes, et fut libérée en 961 par l'empereur Nikiphoros Phokas. Le village de Kydonia demeura une forteresse militaire importante, mais sous un nouveau nom : La Canée. La période byzantine dura jusqu'en 1204, date à laquelle la Crète passa aux mains des Vénitiens qui chassèrent de l'île les Génois qui s'y étaient installés. En 1252, ils colonisèrent la région de La Canée et y assirent plus solidement leur autorité. Malgré les grandes révolutions constantes des Crétois, les Vénitiens tinrent le coup jusqu'en 1645 et marquèrent de façon indélébile la civilisation de l'île. En 1645, d'abord La Canée et ensuite toute l'île tombèrent aux mains des Turcs ottomans. Dès lors commença l'une des périodes les plus dures de l'histoire de Crète, de révolutions innombrables et de massacres de masse. Pendant la décennie de 1830 à 1840, la Crète fut cédée aux Égyptiens, alors qu'en 1851, les Turcs transférèrent à La Canée le centre administratif ottoman de la Crète.

En 1898 et jusqu'en 1907, les Grandes Puissances de l'époque prennent le contrôle de la Crète - les Italiens occupent la ville de La Canée, les Allemands prennent Souda et les Autrichiens, Kisamos - et élisent George, Prince de Grèce, gouverneur de l'État Autonome Crétois. Le premier gouvernement de l'île est alors élu et siège à La Canée. En 1910, Elefthérios Vénizelos, déjà membre du premier gouvernement crétois, est élu Premier Ministre de Grèce et le 1er décembre 1913, l'Union de la Crète au reste de la Grèce est proclamée. La liberté de l'île durera jusqu'au 20 mai 1941, date à laquelle commence la légendaire Bataille de Crète contre les puissances du Troisième Reich.

La ville de La Canée et l'aéroport de Malémé ne tiennent pas longtemps sous le coup des attaques aériennes féroces. En dix jours, et malgré la résistance héroïque des gens du pays et des maigres forces militaires grecques et alliées, l'île tombe sous l'occupation allemande jusqu'en 1945, payant très cher le prix de son combat pour la liberté.

Le mythe et l'histoire glorieuse de l'Antiquité donnèrent à la Crète sa substance, les siècles qui suivirent avec tant de conquérants et tant de combats au nom de la liberté lui donnèrent son caractère. La Crète vient de passer la moitié d'un siècle libre, sans être dérangée par des conquérants, fière que des dizaines d'envahisseurs soient passés par ce grand carrefour de la Méditerranée, l'aient touché mais ne soient pas parvenus à l'asservir. Parce que si le corps peut être emprisonné et souvent succomber, l'âme crétoise, elle, n'a jamais été emprisonnée et n'a jamais succombé…